Главна и основна научноистражувачка дејност во ова одделение е да врши проучувања на биологијата, екологијата и морфологијата на болестите и штетните инсекти на расадот и расадениот тутун како и во складиштата на тутунската суровина и преработките.

Исто така, се испитува ефикасноста на најсовремените пестициди во сузбивањето на болестите, штетните инсекти и плевелната флора кај тутунот и нивното влијание врз промените на некои квалитетни особини на тутунот.

Се врши проучување на односите помеѓу фитоценозите, ентомофауната, патогените микроорганизми, ентомофагите и паразитите кај некои видови штетни инсекти, од аспект на примена на биолошки методи за борба против штетниците на тутунот, како и улогата на одделни инсекти во трансмисијата на вирусните болести кај тутунот.

Во последно време сé работи и на биолошка заштита на тутунот од одредени болести и штетници.